浙江清华长三角研究院生物技术与医药研究所成立于2006年1月12日，是研究院建院之初建立的五所一中心之一。研究所拥有一个省级重点实验室-浙江省应用酶学重点实验室，此外具有多个中心。研究所立足于生物医学发展前沿，以学科上有明显的优势和特点着力打造四个生物医药孵化平台：细胞治疗孵化平台、体外诊断孵化平台、新药创制孵化平台和海洋生物医药孵化平台。拟通过孵化能力建设，在嘉兴科技城孵化一批生物医药初创企业，进而带动生物医药科创园的建设。 帮助嘉兴科技城在生物医药领域逐步形成产业集聚和人才聚集。 助力“东方硅谷”、“G60 科创走廊”、“大湾区”等区域战略目标的实现。生物技术与医药研究院创办的宗旨是打造国际一流的新型创新载体。生物技术与医药研究所的任务是整合清华大学生命科学学院、医学院和药学院基础科研能力，在嘉兴打造生物医学科技成果转化基地。

生态环境研究所 (简称: 环境所) 成立于2006年，是由清华大学环境学院和浙江清华长三角研究院共同建立的环境保护技术研究机构和成果转化基地。研究所现拥有环境领域人才30余人，其中高级工程师9名，硕博人才19名。拥有浙江省水质科学与技术重点实验室等多个研发平台；两个市级重点创新团队，其中“嘉兴市水质安全保障创新团队”为嘉兴市首批重点创新团队。完成国家和省部级环保科研课题30余项，市厅和区级科研课题50余项，面向政府和企业提供环保技术服务170余项。先后获得省部级科学技术奖4项、市厅级科学技术奖14项。研究所的定位和目标是以清华大学的技术和人才为依托，大力推动浙江省和长三角地区在生态环境领域的应用技术研究和科技成果转化；建立相应的研发基地与示范工程，带动和促进地方环保产业的成长，为地方经济可持续发展服务；同时为本地区在生态环境领域汇聚和培养高级环保人才；为中外企业和研究机构的交流搭建良好的科技服务平台。

浙江清华长三角研究院（简称研究院）现代农业工程技术研究所（简称农业所）于2014年12月成立，依托清华大学和研究院的人才、技术和知识优势，立足浙江及长三角地区农业发展现状，围绕生态农业、减磷减氮、生物农药、智能农机设备以及农业循环经济等技术领域进行技术创新和产业孵化，为国家粮食安全、食品安全以及农业可持续健康发展作出贡献。

浙江清华长三角研究院分析测试中心建于2014年，为浙江清华长三角研究院直属机构。由建于2006年的生态环境研究所环境监测研究室和2009年的先进制造所科学仪器研究室合并成立。中心主要针对环境、农产品/食品等主要问题，以分析测试为抓手，应用大数据技术，发展“保安全、促健康”的创新技术体系，在检验检测、风险分析、风险管理、专有检测仪器和工艺设备等关键领域，不断研发符合社会经济发展所需的新技术、新产品，加强技术创新与产业的有机结合，促进科技成果向产业转移。