浙江清华长三角研究院总部院区位于嘉兴市南湖区亚太路705号，总部院区以“生产、生活、生态”三生融合为理念，以建设全链条服务的领军型创新机构为目标，着力打造创新创业化、工作生活化、园区生态化的高端科创产业园。院区占地280亩，建有高端科研办公用楼、高标准厂房及人才公寓、专家别墅，总建筑面积约31.5万平方米。总部院区被评为国家级科技企业孵化器、国家级众创空间、省级双创示范基地、省级军民融合产业基地等称号，获得了嘉兴市重点楼宇、三星级小微园区、科技金融与产业研究特色楼宇等荣誉。

目前，总部院区已吸引近300余家设计研发、中试生产、科技服务业等优质企业入驻，涵盖了生命健康、新能源、数字经济、智能制造、节能环保及新材料等多个前沿领域。院区累计引育国家高新技术企业40多家、省级科技型企业90多家，市级及以上创新创业人才130余人，国家级、省级创新创业人才超80人。 总部院区依托浙江清华长三角研究院的人才资源和平台优势，在“政、产、学、研、金、介、用”七位一体发展模式指导下，通过提供空间、资金、技术、人才、政策、市场等全方位、全生命周期的综合赋能服务，为引进、孵化项目提供有力支撑。

总部院区未来将以一流的院区环境、一流的人才技术、一流的生活配套、一流的服务质量为目标，进一步加大科技成果转化、科研项目引育工作力度，使总部院区成为高端人才、高质量项目、高技术支撑的聚集地，将总部院区打造成为企业转型升级的源动力、长三角区域创新创业的新引擎、企业全周期服务的新标杆，为浙江省清华长三角研究院打造成为具有先进水平的新型创新载体作出贡献。