总部院区位于浙江省嘉兴市。总部院区具备完善的科技研发、产业孵化、科技金融、人才引进等功能，以及完备的服务生态和富有活力的创新创业环境。拥有生物医药、生态环境、先进制造、信息技术、现代农业、分析测试等核心科研平台，并在柔性电子、智能装备、新能源汽车、数字创意、军民融合等战略性新兴领域组建了一批工程化中心和智库型中心，并发起成立浙江清华柔性电子技术研究院、未来技术研究院等专业院。