2018年9月，浙江省“千村示范万村整治”工程（以下简称“千万工程”）荣获联合国最高环境荣誉“地球卫士奖”中的“激励与行动奖”，意味着浙江推进生态文明建设的努力和成效得到国际社会认可。
2003年6月以来，浙江深入践行习近平生态文明思想，在全省持之以恒推进“千万工程”和美丽浙江建设，从“示范引领”、“整治推进”到“深化提升”；从道路硬化、垃圾处理、卫生改厕扩展到生活污水处理、面源污染整治、农房改造；从环境整治扩展到发展绿色产业、移风易俗，让村美人更美。“千万工程”在浙江落地生根，深刻改变乡村面貌，实现经济发展和环境保护的协调推进。
为激励先进、树立典型，推动“千万工程”和美丽浙江建设再上新台阶，省委、省政府对在“千万工程”和美丽浙江建设中做出突出贡献的集体和个人进行了表彰。其中，浙江清华长三角研究院生态环境研究所获评“突出贡献集体”称号。
近年来，浙江清华长三角研究院生态环境研究所踏实推进应用技术研发和科技成果转化，在技术支撑农村污水处理和区域水环境改善等方面发挥了重要作用。作为国家环保部嘉兴农村分散式水污染物减排试点工作的技术支撑单位，完成了关于农村污染治理的多项国家和省部级课题，并积极为地方的农村污染治理提供工程服务与决策支持。承担了环保部公益性行业科研专项“宏观环境督查机制与技术规范研究”,起草了《关于全国生态和农村环境监察工作的指导意见》（环发［2012］146号）。编制了南湖区农村环境保护规划（2009年）、南湖区畜禽养殖COD总量减排参与排污权交易（2009年）、绍兴市农村生活污水治理政策建议研究（2014年）、嘉兴市畜禽养殖污染防治规划编制（2016年）、嘉兴市“十三五”环境保护规划（2016年）等。2017年以来，主持“十三五”国家水专项“分散生活污水处理设施智慧监测控制系统设备与平台”课题，倾力开展农村污水处理与运维监管服务，基于对嘉兴市农村分散生活污水处理设施的全面调研，构建了全市农村分散污水处理设施基础信息数据库，形成了《嘉兴市农村分散污水处理设施运维问题诊断与提升需求分析报告》，提出了分区分级分类的《嘉兴市秀洲区和海宁市农村分散生活污水处理设施运行监控方案》，参与制定了浙江省农村污水分处理设施导则11项，技术支撑了嘉兴市运维监管体系的构建，开发建立了农村生活污水智慧监控运行管理平台，为地方政府农村生活污水处理设施长效运维监管工作提供了阶段性的技术支撑。
此外，与绍兴、舟山、温州、衢州、丽水等地市也开展了不同层度的五水共治合作。负责杭州上塘河保障桥省控断面的水质提升，助力省“消灭劣V类水”行动；承担嘉兴市河网污染负荷调查和“一河（湖）一策“方案的编制，为地方污水处理献言献策；开展嘉兴市流域排污许可管理试点工作，探索“一证式”排污许可管理模式以及相关市场机制；持续研究区域水环境污染成因，承担嘉兴市地表水石油类污染调查项目和氮磷控制方案编制调研项目；在舟山普陀区、嵊泗县等地实施了9个农村安全供水示范工程，解决了1000多名农户的饮用水安全问题；推进“科技治水”成果转化及示范工程建设，以膜生物反应器技术为核心，集成优化高排放标准城镇生活污水处理工艺等。
未来，研究院及环境所将继续在国家水专项等课题支撑下，团结奋进，深化“美丽浙江”建设，发挥使命担当，进一步打通“绿水青山就是金山银山”转化通道，下足绣花功夫，高标准打好污染防治攻坚战，合力谱写美丽浙江的新篇章。